Từ trước khi giải phóng được nước Pháp, Tướng Charles De Gaulle nhân danh Chủ tịch Chính phủ lâm thời Cộng hòa Pháp đã tuyên bố chính sách của Pháp với Đông Dương vào ngày 24 tháng 3 năm 1945. De Gaulle cho rằng "Năm quốc gia[8] tạo nên Liên bang Đông Dương được phân biệt bằng văn minh, chủng tộc và truyền thống, sẽ vẫn duy trì những đặc điểm riêng của họ trong Liên bang."[9][10]. Như vậy, cho đến cuối Thế chiến thứ II, người Pháp vẫn xem Bắc, Trung, và Nam Kỳ của Việt Nam là ba quốc gia khác nhau, cùng với Lào và Cao Miên, tạo thành năm xứ Đông Dương. Việc thành lập Cộng hòa tự trị Nam Kỳ sau đó cũng nằm trong kế hoạch tái lập Liên bang Đông Dương cũ của Pháp.

Ở Viễn Đông, khi Chiến tranh thế giới thứ hai kết thúc và Đế quốc Nhật Bản đầu hàng quân Khối Đồng Minh ngày 15 tháng 8 năm 1945 thì lãnh thổ Việt Nam từ vĩ tuyến 16 trở xuống do Quân đội Anh dưới quyền chỉ huy của tướng Douglas Gracey nhân danh lực lượng Khối Đồng Minh tiếp quản.

Ngày 23 tháng 9 năm 1945 người Pháp tái vũ trang và sẵn sàng tiếp thu Sài Gòn nhưng phải đợi đến tháng 10 khi quân Anh chính thức trao chủ quyền lại cho Pháp thì Quân đội Pháp mới ồ ạt đổ bộ[11] rồi mở rộng đánh chiếm toàn Nam Bộ.

Tháng 2 năm 1946, Ủy viên Cộng hòa Nam Kỳ (Commissaire République), tức chức vụ mới lập để gọi người Pháp cầm đầu hành chính ở Nam Kỳ là Jean Cédile. Cédile cho lập Hội đồng tư vấn Nam Kỳ (Conseil consultatif de Cochinchine) với 12 ủy viên, trên danh nghĩa giúp người bản xứ tự quyết định tương lai xứ sở, nhưng cũng có thâm ý tách dần chính trị Nam Kỳ khỏi những biến động và thương thuyết ở Bắc Kỳ và Trung Kỳ. Thành phần Hội đồng gồm 4 người Pháp và 8 người Việt nhưng tất cả đều có quốc tịch Pháp.[12]

Chính Hội đồng này sang tháng 3 đã đệ trình một kiến nghị với chữ ký của 8 ủy viên người Việt lên Cao uỷ Đông Dương (tương đương với chức vụ Toàn quyền Đông Dương cũ) là Đô đốc Georges Thierry d'Argenlieu xin lập một xứ Nam Kỳ tự trị.[13] Cédile tỏ rõ ý định ủng hộ ý đồ "Nam Kỳ tự trị" và hậu thuẫn những đảng phái thân Pháp như Đảng Nam Kỳ của Béziat để vận động công chúng. Những nhóm khác như Đông Dương Tự trị Đảng và Việt Nam Tân dân Đảng cũng ngả theo lập trường "Nam Kỳ tự trị" của Pháp. Cùng lúc đó thì đảng Tân Dân chủ của bác sĩ Nguyễn Văn Thinh tuy tham gia vào Hội đồng Tư vấn Nam Kỳ vẫn cố gắng tìm chỗ đứng riêng để thu hút các lực lượng không Việt Minh.

Ngày 31 Tháng 5, 1946 Hội đồng tư vấn Nam Kỳ lấy tên mới là Hội đồng Nam Kỳ (Conseil de Cochinchine) và tăng số ủy viên lên 42 người.

Trong khi Hội nghị Fontainebleau sắp diễn ra ở Pháp thì Cao ủy Đông Dương là d'Argenlieu đơn phương tán thành việc thành lập Cộng hòa tự trị Nam Kỳ ngày 27 tháng 5 năm 1946 và ra tuyên cáo ngày 1 tháng 6 trước đám đông tụ tập ở Nhà thờ Đức Bà, Sài Gòn. Ngày 5 tháng 6, Tổng trưởng Pháp Marius Moutet chấp thuận hành xử của d'Argenlieu để "bảo vệ quyền lợi của dân tộc Nam Kỳ".[14] Cũng vào đầu tháng 6, bác sĩ Nguyễn Văn Thinh được đề cử làm Thủ tướng Chính phủ Cộng hòa Nam Kỳ tự trị. Ủy viên Cédile liền ký với tân Thủ tướng một hiệp ước nhìn nhận xứ Nam Kỳ là một xứ tự do, riêng biệt trong khuôn khổ của Liên bang Đông Dương.

Sau đó, báo Cứu quốc (Việt Minh) phản hồi: "Chúng tôi mong đô đốc Đác giăng li ơ ra lệnh hạ màn cái trò hề vô vị "Chính phủ Cộng hòa Nam Kỳ" đó đi. Nếu người Pháp cần phải thử xem Nam bộ có phải là đất Việt Nam không? Thì cứ mở cuộc trưng cầu dân ý cho công bằng. Tại sao lại một chính phủ tự trị rồi mới trưng cầu dân ý? Phải chăng người ta muốn đặt dân Việt Nam vào một việc dĩ nhiên? việc lập một chính phủ tự trị ở giữa nơi quân Pháp đóng trước khi mở cuộc trưng cầu dân ý để lộ ra một cách vụng về cái ý muốn chia sẻ nước Việt Nam. Việc lập chính phủ bù nhìn ấy làm cho người ta cảm thấy người Pháp muốn dùng bọn bù nhìn uy hiếp dân chúng trong cuộc trưng cầu dân ý[15]. Ban Thường trực Quốc hội ra phản đối chính thức. Đoàn đại biểu Việt Nam Dân chủ Cộng hòa tại Hội nghị Fontainebleau phản đối. Báo Độc lập ngày 18 tháng 7 năm 1946 bình luận "Ở Cà Mâu, bọn Abalain, Guillemet chẳng đếm xỉa gì đến chính phủ bù nhìn Quisling Nguyễn Văn Thinh cả... Đồng thời ở khắp tỉnh, quận, tổng, làng ở Nam Bộ, Pháp thâu dụng một bọn cướp khác. Bọn này giả danh lập Mặt trận bình dân..."